CHARGES VIRALES FAUSSEMENT POSITIVES
Que mesurons-nous ?

par Matt Irwin

2001

 

Résumé

La réaction en chaîne de polymérase (PCR) et d'autres analyses d'ARN sont employées avec une fréquence de plus en plus grande dans divers champs de la science et de la médecine, particulièrement dans l'étude du virus d'immunodéficience humaine (VIH) et du syndrome d'immunodéficience acquis (SIDA). Malgré l'utilisation répandue de ces tests, il y a plusieurs contradictions qui soulèvent des doutes sérieux sur leur exactitude. On compte peut-être le plus fortement sur ces analyses d'ARN dans la gestion médicale des personnes diagnostiquées avec le SIDA et pour les personnes qui réagissent positivement aux tests d'anticorps VIH, où ces analyses sont employées pour mesurer la charge « virale » d'une personne. Puisque beaucoup de décisions cliniques importantes sont prises en se basant sur ces tests, les niveaux de sensibilité et de spécificité les plus élevés devraient être exigés.

La contradiction la plus significative dans les analyses d'ARN pour les personnes diagnostiquées VIH-positif est la présence de charges virales faussement positives, qui se produisent généralement chez 3% à 10% de personnes n'ayant aucun facteur de risque pour le VIH et qui réagissent négatif aux tests d'anticorps du VIH (les gens considérés VIH-négatifs). Aux Etats-Unis, où la prédominance de l'infection par le VIH est d'environ 0,4%, ce taux de faux positifs signifie qu'un criblage aléatoire utilisant le test de charge virale produirait 30 à 100 faux positifs pour chaque 4 vrais positifs.

D'autres contradictions incluent la découverte qu'entre 99.99% et 99.9999% des virions de VIH estimés par cette méthode ne sont pas infectieux, ce qui soulève des questions au sujet de leur capacité à causer la maladie. Cet article passera en revue un certain nombre d'études qui se concentrent sur des résultats faux positifs aux analyses d'ARN de VIH. Il passera également brièvement en revue d'autres contradictions entrainant des questions par rapport à l'exactitude de ces analyses. Cette analyse n'est pas censée être complète, mais plutôt une mettre en évidence les problèmes les plus importants. Elle traite de leurs implications pour la gestion de l'infection par le VIH, de même que leurs implications pour la recherche future. L'explication la plus probable pour les résultats passés en revue dans cet article est qu'une grande partie de l'ARN mesuré par les analyses de charge virale ne vient pas du VIH, mais plutôt d'autres microbes et des cellules humaines normales.

 

Introduction

La surveillance de la charge virale d'une personne est utilisée d'une multitude de façons chez les gens diagnostiqués VIH-positifs. Elle est devenue l'une des méthodes de base, avec la mesure des lymphocytes T CD4+, pour prendre des décisions de traitement telles que commencer à prendre les médicaments antiretroviraux ou en changer ; ou pour décider de combien l'infection d'une personne par le VIH est avancée. Si quelqu'un a été diagnostiqué VIH-positif, la mesure de charge virale peut être employée pour estimer s'ils ont le SIDA. Elle est rarement employée, cependant, pour estimer si quelqu'un est infecté par le VIH , en raison du taux élevé de faux positifs.

La plupart des gens, y compris beaucoup de cliniciens, croient que les chiffres produits par un test de charge virale représentent le nombre de virus actifs présents dans chaque millilitre du sang d'une personne ; mais ce n'est pas ce que représente réellement la charge virale. Le test de charge virale est employé pour mesurer la quantité de fragments d'ARN (qu'on pense être spécifiques du VIH) présents dans chaque millilitre du sang d'une personne. En fait, même cette définition n'est pas complètement précise, parce que la mesure quantitative est faite indirectement en utilisant des équations mathématiques, par opposition à une méthode de comptage directe. Ce qui se produit réellement c'est que des sondes sont utilisées pour identifier de courtes séquences d'ARN supposées venir du VIH. Ensuite, ce qui est trouvé par les sondes (quoi que ce soit) est amplifié exponentiellement par une série d'étapes de réplication. C'est seulement après que toutes ces amplifications ont été réalisées que les fragments d'ARN peuvent être détectés et comptés. A ce moment là, une estimation mathématique complexe est employée pour essayer de déterminer le nombre de fragments d'ARN qui étaient présents dans l'échantillon sanguin originel ; ce qui produit finalement le nombre qui représente la charge « virale » d'une personne. Chacune de ces étapes introduit la possibilité de résultats imprécis : de la supposition que seulement l'ARN du VIH sera identifié et amplifié, à la supposition que la formule mathématique indiquera exactement le nombre de copies de ces ARN qui étaient présentes à l'origine.

Les faux positifs se produisent avec toutes les analyses d'ARN disponibles, y compris la génération de tests la plus nouvelle (Mendoza et autres 1998). Quand ces tests sont faits sur le sérum de personnes considérées VIH-négatives, 3% à 10% d'entre elles ont généralement des charges virales positives, et le taux rapporté le plus élevé de résultats faux positifs est de 60% (HIV surrogate marker coll. group 2000). Bien que la plupart des cas rapportés aient des charges virales fausses de 10.000 ou moins, il y a eu des rapports des charges virales faussement positives montant jusqu'à 100.000 copies par millilitre. Aux Etats-Unis, où la prédominance du VIH est d'environ 1 pour 250 personnes (0.4%), un taux de faux positif de seulement 2% signifierait tout de même que le criblage aléatoire de la population aurait comme conséquence 5 faux positifs pour chaque vrai positif, et un taux de faux positifs de 10% aurait comme conséquence 25 faux positifs pour chaque vrai positif. L'explication la plus probable pour ce taux élevé de faux positifs est que les analyses d'ARN-VIH réagissent généralement avec de l'ARN NON-HIV, comme ceux produits par les cellules humaines normales et par des microbes.

Le génome humain a environ 3 milliards de paires de bases, alors que le VIH en a environ seulement 10.000. En raison de cette différence, les cellules humaines produisent beaucoup plus d'ARN que le VIH. L'ARN des cellules humaines pourrait être libéré en grande quantité pendant des périodes de mort rapide de cellules ; chose qui se produit pendant les processus infectieux et inflammatoires. Or ces derniers sont généralement présents chez les gens diagnostiqués VIH-positifs. Ceci a pu considérablement augmenter la probabilité de charges virales faussement positives dans la population étudiée. Le taux élevé de résultats faux positifs lors des analyses d'ARN de VIH suggère que parmi les 3 milliards de paires de bases présentes dans le génome humain, certaines pourraient produire de l'ARN qui est attribué de manière erronée au VIH. Cet argument est renforcé par le fait que les analyses habituelles d'ARN recherchent environ seulement 3% du matériel génétique du VIH, ou environ 300 paires de base.

Un autre fait qui augmente le risque de charges virales faussement positives est que ces tests emploient des séquences d'ARN basées sur les protéines d'anticorps détectées par les tests d'anticorps ELISA et Western Blot. Ceci signifie que si une personne a un résultat faussement positif ou indéterminé sur l'un ou l'autre des tests d'anticorps, il y a également une forte probabilité d'obtenir un résultat faussement positif sur le test de charge virale. Des résultats faussement positifs et indéterminés sur ces tests sont bien connus et décrits. Par exemple, 20 à 40% de donneurs de sang en bonne santé et sans facteurs de risque pour l'infection par le VIH, et qui sont négatifs au test ELISA, auront un résultat indéterminé sur le test Western Blot (Proffitt et autres. 1993).

Une autre contradiction est que les études ont constaté que le nombre de copies virales estimées par ces tests représente entre 99.99% et 99.9999% de virus non-infectieux (Piatak et autres 1993). Les virus non-infectieux ne sont pas considérés comme capables de causer la maladie, puisque par définition ils ne peuvent pas infecter des cellules. Il est également possible que ces « virus non-infectieux », qui peuvent composer 99.99% à 99.9999% de la mesure de charge virale d'une personne, ne soient pas vraiment des virus du tout, mais représentent plutôt la détection d'ARN venant de sources non-VIH.

Cet article présentera d'abord quelques contradictions dans les mesures de charge virale, ainsi que quelques explications alternatives pour ces contradictions ; explications qui suggèrent la possibilité que ces analyses de charge virale ne mesurent pas exactement l'activité du VIH. Ensuite, il passera en revue un certain nombre d'études documentant l'occurrence relativement commune des charges virales faussement positives chez les personnes qui sont considérées comme VIH-négatives. Une discussion concernant certains médicaments antiretroviraux (anti-VIH) sera incluse. Ces médicaments fonctionnent en interférant avec la synthèse de l'ARN et de l'ADN, et ils ont cet effet sur presque toutes les cellules humaines, de même que sur d'autres microbes, pas seulement sur le VIH (Schmitz et autres. 1994, Dalakas et autres. 1994, Bacellar et autres 1994, le bureau Référence du médecin/PDR 1999, Cassone 1999, Atzori 2000, PDR 1999). Ceci signifie que les médicaments anti-VIH peuvent réduire les charges virales nettement même si l'ARN vient de cellules humaines normales ou d'autres microbes qui sont présents chez la personne testée.

 

I. Les charges virales représentent de 99.99% à 99.9999% de virus non-infectieux

Les virus peuvent seulement causer des dommages s'ils sont infectieux, ceci parce qu'ils doivent infecter des cellules afin de causer la mort de ces dernières. Les chercheurs essayant de voir quelle proportion, parmi les quantités énormes de VIH rapportées par la PCR quantitative, représente les virus actifs et infectieux, ont constaté que seulement 1 sur 10 millions (0.0001%) sont réellement infectieux. Un virus qui ne peut pas infecter une autre cellule est essentiellement stérile, puisqu'il ne peut nuire à aucune cellule. Voici quelques commentaires d'une étude publiée dans la revue "Science" en 1993 dans laquelle les chercheurs ont constaté que la grande majorité des particules virales estimées par des analyses de charge virale était non-infectieuse et non-cultivable (Piatak et autres. 1993).

« Les niveaux de circulation du virus du plasma déterminés par la PCR (quantitative) ont corrélés avec, mais en excédant en moyenne de 60.000 fois, le nombre de VIH-1 infectieux qui a été déterminés par la culture quantitative de portion identiques de plasma… Il a été rapporté (dans d'autres études) que le total des virions excédait les unités infectieuses cultivables par des facteurs allant de 10.000 à 10.000.000, rapports semblables à ceux que nous avons observés dans le plasma. » (Piatak et autres. 1993, page 1752)

Ca signifie que ces chercheurs ont estimé qu'environ seulement 1 virion sur 60.000 trouvés en employant la PCR quantitative était réellement infectieux, et que d'autres études ont obtenu des chiffres atteignant 1 sur 10 millions. Les chercheurs n'ont pu cultiver aucun virus chez plus de la moitié (35 sur 66) des patients, et des personnes sans aucun virus infectieux ont eu des charges virales montant jusqu'à 815.000 copies par millilitre. Les sujets d'étude avaient tous réagi positifs aux tests d'anticorps ELISA et Western Blot qui sont les deux tests actuellement utilisés pour déterminer si les personnes sont VIH-positives ou non ; tous avaient des charges virales élevées, mais la plupart d'entre eux n'avaient aucune unité infectieuse cultivable de VIH. Cette difficulté à trouver des particules actives de VIH a été rencontrée par beaucoup d'autres chercheurs essayant de confirmer la présence du VIH dans le sang des personnes (Chiodi 1988, Gallo 1984, Learmont 1992, Popovic 1984, Sarngadharan 1984, Schupbach 1984).

 

II. Les charges virales faussement positives

Les études examinant les charges virales faussement positives ont trouvé que les taux de faux positifs varient considérablement, de 0 à 60%, les taux les plus communs étant environ entre 3 et 10%. Les nombres de copies virales par millilitre de sang trouvé chez les personnes considérées comme VIH-négatives se sont étalés de 48 à plus de 100.000. Ces niveaux sont beaucoup plus élevés que le niveau utilisé pour faire des changements de traitement chez les gens diagnostiqués VIH-positifs. Les recommandations courantes sont que si une personne suit une thérapie de cocktails antiretroviraux et que sa charge virale monte au-dessus d'indétectable, son traitement devrait être changé. Par exemple, un article récent sur l'utilisation de la charge virale dans la gestion de l'infection par le VIH stipule :

«L'incapacité à atteindre le niveau cible de 50 copies par millilitre après 16 à 24 semaines de traitement devrait inciter à considérer qu'il y a une résistance aux médicaments, une absorption insatisfaisante des médicaments, ou une mauvaise compatibilité. … Pour les patients chez qui on a atteint une charge virale de plasma au-dessous du niveau discernable, la ligne de conduite utilisée généralement est de changer la thérapie de drogues antiretrovirales si la concentration du plasma en ARN de VIH se met à augmenter. Dans le meilleur des cas, n'importe quel ARN de VIH de plasma discernable confirmé est une indication pour changer la thérapie. Chez quelques patients, il peut être raisonnable d'attendre jusqu'à ce qu'il y ait une augmentation documentée du niveau d'ARN de VIH du plasma de plus de 2000 à 5000 copies par millilitre. » (Mylonakis et autres. 2001, page 483).

Ceci prouve clairement qu'un niveau de seulement 50 copies par millilitre est déjà considéré comme étant significatif ; et pourtant il sera montré que des charges virales faussement positives montant jusqu'à 100.000 copies par millilitre ont été détectées. Savoir quelles conditions prédisposent une personne à avoir une charge virale faussement positive aiderait beaucoup à la gestion d'une personne diagnostiquée VIH-positif. En effet, ça pourrait aider à déterminer quelle quantité de la charge virale d'une personne représente une activité réelle du VIH. Bien qu'il soit raisonnable que des charges virales faussement positives apparaissent quand il y a beaucoup de cellules mortes en raison des quantités élevées d'ARN qui sont libérées quand les cellules meurent en grand nombres, on n'a trouvé aucune étude qui essaye de déterminer quels facteurs influencent la probabilité des résultats faux positifs.

 

IIa. Des charges virales faussement positives avec trois différents tests de charge virale

En 1998, Mendoza et autres. ont publié un article sur les charges virales faussement positives qui est significatif parce qu'ils comparent trois différentes analyses de charge virale (Mendoza et autres. 1998). Plusieurs jours après avoir diagnostiqué un enfant agé de 5 mois comme étant positif au VIH à partir d'une charge virale positive de 3044 copies par ml et avoir commencé à le mettre sous traitement antiretroviral, ils ont découvert que lui et ses parents réagissaient négatif aux tests d'anticorps. Après des tests étendus de suivi de l'enfant et de ses parents, ils ont conclu "qu'un résultat de charge virale faux-positif douteux devient l'explication unique en ce qui concerne cette polémique" (page 2076). Cet événement les a incités à réaliser une expérience simple, qu'ils décrivent comme suit :

« Puisque les tests de charge virale ont été approuvés pour la quantification de la virémie chez les individus déjà connus comme étant VIH-positifs, nous étions intéressés de connaitre leur spécificité. A cette fin, nous avons choisi 20 volontaires en bonne santé, tous avaient des résultats négatifs aux anticorps de VIH en utilisant différents tests de criblage. Le plasma de chacun a été analysé par trois tests de charge virale de VIH actuellement disponibles. » (Mendoza et autres. 1998, page 2076)

La première analyse, qui a utilisé une analyse "branched DNA" du laboratoire Chiron, a constaté que 2 volontaires sur 20 (10%) avaient une charge virale positive : une avec une charge virale de 10.620 copies par ml et l'autre avec 2.020. Le test à base d'amplification d'acide nucléique, d'Organon Teknika, a également donné 2 faux positifs sur 20, quoiqu'avec de plus petites valeurs : 150 et 480 copies par ml. La dernière analyse, le RT-PCR Monitor de Roche, a été conduite de deux manières différentes, une fois en cherchant seulement un sous-type particulier du VIH et une autre fois en recherchant n'importe quel type de VIH. Quand on cherchait seulement le sous-type, seulement 1 échantillon sur 20 (5%) était positif, mais en recherchant n'importe quel type de VIH, 4 sur 20 (20%) étaient positifs. Bien que ce taux de faux positifs (20%) ait été plus haut que celui trouvé pour les autres tests, les valeurs mesurées étaient inférieures, s'étendant de 48 à 253 copies par ml. Les auteurs n'indiquent pas si les mêmes personnes qui ont réagi positif sur une analyse avaient une probabilité plus grande de réagir positif sur une autre, mais ils déclarent que la répétition du test a reproduit les mêmes résultats dans plus de la moitié des échantillons qui pouvaient être testés à nouveau.

Cette étude est significative non seulement parce qu'elle a trouvé des faux positifs dans trois différentes analyses d'ARN, mais également parce qu'elle a employé des volontaires en bonne santé sans facteurs de risque pour l'infection par le VIH, et chez qui la possibilité d'infection aigue par le VIH est excessivement faible. La plupart des autres études passées en revue ont seulement considéré l'exactitude de l'analyse de monitoring de l'ARN par RT-PCR simplement en mesurant les charges virales, et elles ont souvent étudié des personnes avec des facteurs de risque connus ou des expositions connues au VIH.

 

IIb. Des faux positifs de 100.000 copies par mL

En 1997, une étude a été publiée avec une charge virale faussement positive soigneusement documentée montant jusqu'à 100.000 copies par ml (Schwartz et autres. 1997). Le patient en question était un participant à un essai clinique de vaccin anti-VIH, qui était soigneusement suivi et dont le sang avait été testé pour les anticorps du VIH plusieurs fois par an pendant plusieurs années. Un test de charge virale a été réalisé la première fois sur son sérum quand le patient s'est plaint de symptômes ressemblant à la grippe. On pense que les symptômes de type grippaux indiquent le début de l'infection aiguë par le VIH, qui s'appelle également « le syndrome retroviral aigu ». Le test de charge virale était positif, et les auteurs ont décidé de réaliser des tests de charge virale sur tous les échantillons de sang disponibles de ce patient ayant été stockés durant l'essai clinique. Les tests d'anticorps sur ces échantillons de sérum avaient tous réagi négatifs, mais ils ont constaté à ce moment-là que quatre des échantillons provenant de plusieurs années antérieures avaient des charges virales positives ; la plus grande charge virale se trouvant «dans une fourchette comprise entre 10.000 et 100.000». Ce patient a subi des tests répétés l'année suivante ; tests qui ont continué à montrer des résultats négatifs, indiquant que la probabilité qu'il ait réellement une infection aigue par le VIH est extrêmement faible. Même si un résultat faux positif aussi grand est peu commun, même un seul résultat de ce genre est suffisamment significatif pour remettre en cause la pratique de choisir une coupure arbitraire au-dessus de laquelle on pense qu'un test de charge virale diagnostique exactement l'infection par le VIH. Une coupure utilisée généralement est 10.000 copies par ml : par exemple, une étude très récente qui a analysé rétrospectivement des échantillons de sang provenant de personnes avec des facteurs de risque pour l'infection par le VIH et des symptômes de type grippaux a supposé que les charges virales au-dessus de 10.000 représentaient « les vrais positifs », alors que ceux en dessous de 10.000, non (Daar et autres. 2001). Ceci a été décrit par Daar et autres. comme suit :

"Le suivi n'était pas disponible pour ces 127 patients (cohorte 1) ; donc, avant d'examiner tous les échantillons, nous avons déterminé qu'un résultat d'ARN de VIH au-dessus de 10.000 copies/mL serait considéré comme un résultat vrai-positif. … Deux patients sur 127 dans la cohorte 1 étaient négatifs pour les anticorps VIH et négatifs pour l'antigène p24, mais positifs pour l'ARN de VIH avec des niveaux supérieurs à 100.000 copies/mL. Dans le but de cette analyse, ils ont été considérés comme vrais positifs pour l'infection par le VIH Primaire. » (Daar et autres. 2001, page 26)

Bien qu'il soit possible que ces patients auraient par la suite réagi positifs aux tests d'anticorps de VIH, il semble inadéquat de supposer que c'est le cas à la lumière des études ci-dessus qui décrivent le taux élevé de résultats faux positifs. Ces deux patients pourraient représenter des exemples supplémentaires des charges virales faussement positives avec plus de 100.000 copies, mais il est impossible d'en être sûr sans données de suivi supplémentaires. Cette étude par Daar et autres. a également analysé deux autres cohortes de personnes en danger d'infection par le VIH. Dans le suivi des deux autres cohortes, le test d'anticorps était disponible, et ils ont constaté que 8 sujets sur 217 (3.7%) avaient un résultat faux positif, avec des charges virales s'étendant de 50 à 2000 copies/mL. Puisque les auteurs incluent la cohorte 1 dans leurs données, quoique aucune donnée de suivi ne soit disponible pour cette cohorte, leurs conclusions et leur abstract rapportent un taux de faux positif inférieur à 2.6%.

Bien que ce ne soit pas le sujet de base de cet article, l'exactitude du test de l'antigène p24 a également été mis en question par Daar et autres (2001). Quelques personnes dans les cohortes d'étude se sont avérées positives aux anticorps de VIH sur le criblage initial, et ont été décrites comme ayant "une infection chronique par le VIH". La grande majorité de ces personnes (82%) étaient négatives à l'antigène p24, qui est une protéine sensée être une partie spécifique et constitutive du virus. Des gens avec les charges virales d'au moins 631.000 copies/mL étaient toujours négatifs pour l'antigène p24, ce qui soulève encore la question du nombre de virus réellement présents chez ces personnes.

Une autre étude récente réalisée par Rosenberg et autres. (1999) a également trouvé des charges virales très élevées chez des personnes qui étaient négatives aux tests d'anticorps de VIH ; la plus élevée étant supérieure à 1.5 million de copies par ml. Cette étude a été conçue comme une tentative de voir si les gens diagnostiqués précédemment avec la mononucléose aiguë avaient réellement des symptômes de l'infection aigue par le VIH. Ils ont employé un simple échantillon de sang stocké, sans les résultats cliniques ou le suivi pour déterminer s'ils avaient cette infection aigue par le VIH. Les auteurs ont trouvé que 4 sujets sur 563 (0.7%) avaient des charges virales positives avec des tests d'anticorps ELISA négatifs. Ce taux de 0.7% est beaucoup plus bas que les taux faux positifs mentionnés ci-dessus, ce qui augmente réellement la probabilité qu'ils étaient faussement positifs, bien qu'aucune donnée clinique de suivi ou de test ne soit disponible. Comme les auteurs l'ont décrit, ils supposent que les personnes de leur étude sont VIH-positives en se basant seulement sur les tests de charge virale. Bien qu'il soit encore possible que ces personnes aient été nouvellement atteintes par le VIH, il est également possible qu'elles représentent encore un autre exemple de faux positifs, cette fois avec des charges virales de plus de 1.5 million.

 

IIc. Une méta-analyse des résultats faux positifs des analyses d'ARN

En 1996, Owens et ses collègues ont publié une méta-analyse de 96 études différentes ou étaient analysées la spécificité et la sensibilité de la réaction en chaîne polymérase (PCR) pour le diagnostic de l'infection par le VIH (HIV surrogate marker coll. group 2000). Ils ont constaté que la spécificité de la PCR variait considérablement dans ces études, de 40% jusqu'à 100%, ce qui signifie que les taux de faux positifs variaient de 60% à 0%. Ils auraient eu des taux de faux positifs encore plus élevés s'ils avaient inclus les résultats « indéterminés » de PCR comme étant positifs. Dans les études considérées comme les meilleures, selon les auteurs, le taux de faux positifs s'étendait de 5% à 0%. Les auteurs ont également constaté que les études employant une technologie plus récente de PCR étaient plus précises que les études plus anciennes, et que les biais de publication pourraient avoir empêché des études avec de plus mauvais résultats d'être éditées. Voici leurs descriptions de ces résultats :

"Notre analyse des sous-groupes montre que les études publiées seulement comme abstracts (ndt : résumés) fournissaient des estimations inférieures de la sensibilité et de la spécificité de la PCR. Ceci peut indiquer des biais de publication - la préférence pour publier les études favorables plutôt que défavorables. … Nous n'avons pas trouvé d'évidence que la performance de la PCR s'améliorait avec le temps." (HIV surrogate marker coll. group 2000, page 810)

Ils discutent également d'un facteur commun qui peut mener à des revendications de spécificités faussement élevées. Ceci survient parce que le résultat du test de PCR est déclaré positif ou négatif en se basant sur une valeur de seuil ; ce n'est pas un résultat "oui ou non". Si le seuil est choisi de telle sorte que même une réactivité très faible est interprétée comme positive, alors beaucoup de gens qui ne sont pas réellement positifs seront déclarés positifs de manière erronée. Si un seuil élevé est exigé et que seulement des échantillons très fortement réactifs sont comptés, alors la spécificité augmentera, mais plus de personnes qui sont réellement positives seront manquées ; ceci ayant pour résultat une faible sensibilité. Comme décrit par les auteurs :

"Puisque la sensibilité et la spécificité sont déterminées par le choix du seuil pour un résultat anormal du test, il y a un inévitablement un compromis à faire entre elles deux. Le seuil peut être choisi de sorte que la PCR soit 100% sensible ou de sorte que ce soit 100% spécifique, mais normalement pas les deux en même temps (à moins que le test soit parfait…). Ainsi, une étude qui évalue seulement la sensibilité de la PCR ou seulement sa spécificité, fournit des informations insuffisantes pour l'évaluation des performances du test." (HIV surrogate marker coll. group 2000, page 812)

 

IId. Charges virales faussement positives - une série de cas

Rich et autres. (1999) ont publié une série de cas décrivant trois patients présentant des charges virales faussement positives. Bien que les auteurs ne fournissent pas d'information qui permettrait une évaluation du taux de faux positifs, leur série est significative parce qu'elle démontre que les faux positifs pour la charge virale sont susceptibles de se produire en même temps que les faux positifs sur les tests d'anticorps ELISA et Western Blot. Dans la mesure où les analyses d'ARN recherchent un ARN qui est basé dans la séquence d'acide aminé des mêmes protéines utilisées dans l'ELISA et le Western Blot, ceci n'est pas surprenant. L'ELISA est employé comme test de screening et le Western Blot, qui sépare sur 10 bandes les mêmes protéines qui sont employées dans l'ELISA, est employé comme test de confirmation. Le test Western Blot est réalisé seulement si l'ELISA est positif. Alors que les deux premiers cas avaient des tests d'anticorps négatifs, le troisième cas avait un ELISA positif et un test Western Blot indéterminé. Il s'agissait d'une femme en bonne santé de 20 ans dont les résultats des tests ont été décrits comme suit :

"Durant une période de quatre mois après son résultat indéterminé au test Western Blot, elle a eu des résultats positifs à l'ELISA et des résultats indéterminés au Western Blot à diverses occasions. Cinq mois plus tard, aussi bien l'ELISA que le Western Blot donnaient des résultats négatifs, mais le patient avait une charge virale sur le plasma de 1300 copies/mL. » (Rich et autres. 1999, page 38).

Que les tests de charge virale faussement positifs aient une plus grande probabilité d'arriver quand des tests ELISA sont faux positifs ou quand les Western Blot sont indéterminés est de l'ordre de la possibilité raisonnable, et des études plus poussées ne devraient pas être difficiles à réaliser. Les tests Western Blot sont indéterminés dans 20 à 40% des cas ou les donateurs de sang en bonne santé sont négatifs au test ELISA (Proffitt et autres 1993). Alors que ce taux extrêmement élevé de faux indéterminés soulève des questions concernant ce test (auquel on fait très confiance), ça rendrait de futures recherches faciles à exécuter en raison du grand nombre de personnes avec des tests indéterminés et chez qui des charges virales peuvent être mesurées.

 

IIe. Charges virales faussement positives après piqûre de seringue avec du sang positif au VIH

Gerberding et autres. (1994) ont entrepris une étude des cas de piqûre par des aiguilles souillées par le VIH, et en cours de route, ont également découvert des données qui mettent en question la valeur du test de charge virale PCR. Ils ont fait des tests de PCR sur 133 des 327 employés en bonne santé qui s'étaient piqués dans leur clinique avec des aiguilles. Ces 133 sujets sont restés négatifs au VIH avec le test d'anticorps ELISA, mais sept d'entre eux ont eu des résultats "indéterminés" de PCR, et quatre autres ont eu un ou plusieurs résultats vraiment positifs, ceci aboutissant à un taux de faux positifs de 3%. Si les résultats indéterminés sont comptés également, le taux de faux positif est de 8%. Gerberding et autres. ont commenté leurs résultats obtenus avec la PCR comme suit :

« L'incapacité à démontrer la séroconversion… chez ceux ayant des tests PCR positifs, suggère que les faux positifs se produisent même dans des conditions de test rigoureuses. La faible valeur prédictive d'un test PCR positif ou indéterminé… rend contre-indiquée l'utilisation de routine de l'amplification génétique dans ce cadre clinique. » (Gerberding et autres. 1994, page 1415)

 

IIf. Tests d'ADN du VIH faussement positifs

Une autre analyse qui fut fortement favorisée est l'analyse ADN-VIH, qui est semblable à une analyse ARN-VIH et emploie la même technologie de la Réaction en Chaîne Polymérase (PCR). Une étude analysant cette analyse a été publiée en 1992 par Busch et autres. Ceux-ci ont fait des tests de PCR-ADN sur 151 personnes ELISA-négatives et ont constaté que 18.5% (28 personnes) avaient des PCR positives. Ensuite, ils ont constaté que seulement 25.5% de personnes diagnostiquées VIH-positives avaient des PCR positives. Dans leur conclusion, ils font remarquer combien sont proches les deux nombres : 18.5% et 25.5% :

«Cette étude sur la détection par PCR de l'ADN du VIH dans du sérum a identifié un taux fâcheusement élevé de positivité non spécifique avec un système de paire d'amorce gag dont l'utilisation est très répandue [gag est une protéine considérée comme spécifique du VIH]. En fait, la positivité globale n'était pas sensiblement différente pour les échantillons de sérum des patients séropositifs et pour ceux des donneurs séronégatifs faisant office d'échantillons de controle (25.5% contre 18.5%). … Contrairement au taux élevé de résultats faux positifs observé avec les amorces gag, l'ADN env [l'env est une autre protéine supposée spécifique du VIH] n'a été détecté par le laboratoire B dans les échantillons d'aucun des individus séronégatifs ou séropositifs. L'absence de réaction avec les deux paires d'amorce de chacun des 59 échantillons venant de personnes séropositives signifie qu'aucun échantillon de sérum ne pourrait être confirmé positif pour l'ADN de VIH, c'est à dire que la sensibilité est de 0%. Cette découverte établit un contraste marqué par rapport à la sensibilité élevée rapportée précédemment par le laboratoire B pour des amorces gag et env. » (Busch et autres. 1992, pages 874-875).

Bien que le test d'ADN de VIH ne soit pas employé pour les mesures de charge virale, il est intéressant de noter les problèmes significatifs qui se sont développés avec ce test, alors que les laboratoires qui l'ont produit avaient revendiqué qu'il était hautement précis, sensible, et spécifique. Le fait qu'ils aient trouvé une sensibilité de 0% pour une des protéines clefs, supposée spécifique du VIH, suggère là encore que ces analyses réagissent la plupart du temps avec de l'ADN et de l'ARN NON-VIH, et qu'elles l'attribuent de manière erronée au VIH.

 

III. Explications alternatives pour les variations dans les charges virales et pour les résultats cliniques améliorés

IIIa. L'effet placebo

Bien que les gens dont les charges virales sont diminuées avec succès par les drogues antiretrovirales aient de meilleurs résultats cliniques (Gilbert et autres 2001), il y a plusieurs autres explications possibles pour ceci par rapport à celles communément admises. L'explication conventionnelle est que ces charges virales réduites représentent une activité réduite du VIH et des quantités réduites de particules de VIH, et que ceci a comme conséquence un état clinique amélioré.

Un facteur qui est ignoré par ce modèle est l'effet placebo. Bien que beaucoup d'essais cliniques de drogue anti-VIH soient réalisés en double aveugle avec controle par placebo, les niveaux de charge virale ne sont pas cachés. Puisqu'on pense généralement que les charges virales représentent le nombre de virus par millilitre de sang, il peut être terrifiant d'entendre que le chiffre de charge virale de quelqu'un est dans les milliers, centaines de milliers, ou même dans les millions. Recevoir de bonnes nouvelles, telles qu'être au courant qu'une charge virale a nettement baissée, peut avoir un effet direct sur la physiologie d'une personne, même si l'ARN mesuré ne vient pas du VIH. Entendre que la charge virale a nettement baissé peut réduire les problèmes émotionnels et psychologiques tels que l'inquiétude et la dépression qui peuvent être graves chez les gens diagnostiqués positifs au VIH. Augmenter le bien-être psychologique et émotionnel peut favoriser divers comportements de santé tels que l'exercice, la bonne nutrition, le soin médical amélioré, et le fait de prendre soin de soi.

Il y a également une bonne raison de croire que les patients dans les épreuves cliniques en question peuvent voir au travers du double aveugle. On a montré que la plupart des participants aux études de médicaments peuvent correctement deviner s'ils obtiennent des traitements actifs ou un placebo (Greenberg et Fisher 1997). Il y a plusieurs explications plausibles à cette découverte. Dans le cas du VIH, une de ces explications est que la charge virale est souvent réduite de façon plus importante par les médicaments actifs. Une autre est que les groupes recevant les médicaments actifs ont également sensiblement plus d'effets secondaires.

 

IIIb. Diminutions d'ARN dans les cellules humaines normales et dans les microbes

Le nombre de virus estimé par les tests de charge virale est basé sur des mesures de fragments d'ARN, de sorte que n'importe quel changement dans les niveaux globaux d'ARN dans le sang peut potentiellement changer la charge virale d'une personne, même si cet ARN ne vient pas du VIH. Beaucoup de drogues antiretrovirales ont un effet antimicrobien à court terme, qui peut avoir comme conséquence une amélioration provisoire de la santé, et elles font ça en empêchant directement la synthèse de l'ARN et de l'ADN. Ces drogues causent également la diminution de la synthèse de l'ARN et de l'ADN dans une grande variété de cellules humaines, dont les globules rouges, les lymphocytes, les cellules des nerfs, les cellules de construction de l'os, et les cellules musculaires, ce qui entraine certains de leurs effets secondaire les plus courants, comme rapporté dans les essais cliniques (Schmitz et autres. 1994, Dalakas et autres. 1994, Bacellar et autres 1994, le bureau Reference du médecin/PDR 1999). Les microbes qu'on a découvert comme étant supprimés par ces médicaments comprennent : le Pneumocystis carinii, le candida albicans, l'entérobactérie, le Shigella, les salmonelles, la klebsiella, la citrobactérie, et l'E-coli, et beaucoup d'autres microbes qui n'ont pas été encore étudiés peuvent également être affectés (Cassone 1999, Atzori 2000, PDR 1999). La diminution de la synthèse de l'ARN et de l'ADN dans les microbes aura comme conséquence une infection réduite, alors que dans les cellules humaines, elle aura comme conséquence une activité réduite, une réduction de l'activité de division des cellules, et une diminution de la réponse inflammatoire lors d'une infection. Ces infections et inflammations réduites, aussi bien que la suppression directe de la production d'ARN, est susceptible d'avoir comme conséquence des réductions très importantes des quantités d'ARN dans le flux sanguin. Si les analyses de charge virale mesurent généralement l'ARN des cellules humaines normales et d'autres microbes et l'attribuent de manière erronée au VIH, comme cela est suggéré par les articles passés en revue dans cet article, alors, la diminution de la synthèse de l'ARN et de l'ADN que les médicaments causent pourrait évidemment avoir comme conséquence une charge virale diminuée, même s'il n'y a aucun VIH présent.

Malheureusement, l'effet antimicrobien de ces médicaments est de courte durée vu que la résistance microbienne se développe rapidement (PDR 1999). Ceci peut être une autre explication pour le cas des personnes dont les charges virales augmentent tout en prenant les drogues anti-VIH, puisque les microbes et les cellules humaines pourraient s'adapter et augmenter leur production d'ARN malgré la présence des médicaments anti-VIH. D'autres médicaments qui interfèrent avec la synthèse d'ARN, comme beaucoup d'agents chimiothérapeutiques anti-cancéreux, feraient également tomber nettement les charges virales, même chez une personne VIH-négative.

Une autre possibilité soulevée par ces arguments est que le rebond dans les charges virales qui est souvent observé peu après qu'une personne ait cessé de prendre les drogues antiretrovirales pourrait ne pas représenter une activité renouvelée du VIH comme cela est généralement pensé. Quand la production humaine ou microbienne d'ARN et d'ADN est supprimée par des moyens artificiels, les cellules essayeront naturellement de compenser en augmentant leur production d'ARN et d'ADN. Quand l'effet inhibiteur de la drogue est supprimé, cette production accélérée peut devenir dominante et causer une augmentation rapide de charge virale même si le VIH n'est pas présent.

 

IIIc. Des diminutions importantes de la charge virale ne sont pas meilleures que de petites diminutions

La comparaison d'études montrant les effets positifs de charges virales diminuées met en lumière une autre contradiction : des réductions très importantes de charge virale n'offrent aucun avantage clinique supérieur par rapport à de petites réductions. Une analyse de chacun des 16 essais cliniques randomisés comparant des résultats basés sur l'abaissement de la charge virale causé par les médicaments a constaté que les médicament qui causent un abaissement marqué des charges virales ne montrent pas de meilleurs résultats cliniques que les études avec seulement des réductions faibles ; et des médicament qui causent les réductions semblables des charges virales ont des résultats cliniques extrêmement variables (HIV Surrogate Marker Collaborative Group 2000). Si un indicateur accessoire tel que la charge virale est un indicateur fiable de l'efficacité des médicaments, alors des réductions plus importantes de la charge virale devraient avoir comme conséquence de meilleurs résultats cliniques ; mais ce n'est pas le cas. Voici quelques citations des auteurs d'une étude traitant de cette question, publiée dans AIDS Research and Human Retroviruses en 2000.

"Si un indicateur de pronostic est un critère de substitution fiable, alors les comparaisons des traitements randomisés qui montrent de grandes différences dans les niveaux de l'indicateur devraient également montrer de grandes différences dans le risque de SIDA/mort. … (dans notre analyse), les essais cliniques qui montrent des différences semblables dans les effets de l'indicateur peuvent avoir des différences tout à fait diverses dans les résultats cliniques." (HIV Surrogate Marker Collaborative Group 2000, pages 1129-1130)

Dans leur abstrait ils énoncent simplement :

"Les changements à court terme dans ces indicateurs (ARN de VIH-1 et compte des CD4) sont imparfaits en tant que critère de remplacement pour des résultats cliniques à long terme parce que deux comparaisons randomisées de traitement peuvent montrer des différences semblables entre les traitements au niveau de l'évolution des indicateurs mais pas des différences similaires au niveau de la progression vers le SIDA ou la mort." (HIV Surrogate Marker Collaborative Group 2000, page 1123)

 

IIId. Explications alternatives pour la réduction des taux de mortalité liés au SIDA

Bien que les traitements à base de combinaison antiretrovirales soient crédités de la réduction très importante des taux de mortalité du SIDA aux Etats-Unis, il y a quelques explications alternatives pour ces taux réduits qui sont souvent négligées. Le premier problème est que la réduction a commencé avant que les nouvelles drogues aient été introduites. En 1995, les taux de mortalité du SIDA ont commencé à chuter (CDC 1997), mais le premier inhibiteur de protéase n'a pas été approuvé par la FDA avant décembre 1995. En 1996, seulement 20% des personnes diagnostiquées VIH-positif prenaient les nouveaux médicaments, ce qui n'est pas une proportion assez grande pour expliquer les baisses importantes qui se sont produites (McNaughten et autres. 2001).

Une explication alternative pour la réduction du taux de mortalité ayant commencé en 1995 est que le nombre de nouveaux cas de SIDA a commencé à chuter en 1993 (CDC 1997). La baisse des décès causés par le SIDA commençant deux ans après, en 1995, serait une prolongation logique de la baisse des nouveaux cas de SIDA. En outre, en 1993 on a présenté une nouvelle définition du SIDA qui a permis à des personnes ne présentant pas de maladie clinique d'être diagnostiquées comme ayant développé le SIDA - les gens avec un niveau de CD4 en dessous de 200. Ce groupe de personnes a représenté environ la moitié de tous les diagnostics de SIDA depuis cette époque. Ceci signifie que les gens diagnostiqués comme sidéens depuis 1993 ne sont pas aussi malades que les personnes diagnostiquées avant 1993 et que plus de personnes peuvent être diagnostiquées comme ayant le SIDA. Malgré cet assouplissement du diagnostic, l'incidence des nouveaux cas de SIDA a commencé à chuter, ce qui suggère que le nombre de cas de SIDA aurait chuté encore plus rapidement si cette nouvelle définition n'avait pas été introduite.

 

Conclusions

Bien que cet article n'explique pas la cause des charges virales faussement positives, il démontre qu'il y a un taux étonnamment élevé de faux positifs. Cette découverte soulève assez de questions pour conseiller la prudence par rapport à la confiance importante placée dans les chiffres de charges virales lorsque sont prises des décisions de traitement pour des personnes diagnostiquées VIH-positif.

Les charges virales faussement positives se produisent généralement chez 3 à 10% des personnes séronégatives, le taux le plus élevé rapporté étant de 60%. La charge virale faussement positive la plus élevée rapportée était dans la gamme des 10.000 à 100.000 copies par millilitre, et il est possible que quelques valeurs plus de 1.5 million aient également indiqué des faux positifs, bien qu'aucune donnée de suivi ne soit disponible pour ces cas. Ceci doit être mis en rapport avec la pratique courante de changer les régimes antiretroviraux si la charge virale d'une personne ne tombe pas en dessous de 50, comme décrit par Mylonakis et autres. (2001) dans le "guide de descriptions des pratiques courante".

Une hypothèse qui pourrait expliquer ces résultats est que les analyses de charge virale de VIH identifient généralement de façon erronée l'ARN des cellules humaines normales et de microbes en comme étant du VIH. Cette hypothèse a pu être évaluée en mesurant la charge virale de personnes fortement malades avec des niveaux élevés d'ARN dans leur sang. Puisque les médicaments anti-VIH réduisent la synthèse de l'ARN dans une grande variété de cellules, les réductions de la charge virale qui accompagnent l'utilisation de ces médicaments peuvent indiquer une réduction non spécifique de la quantité totale d'ARN, par opposition à une réduction spécifique d'ARN de VIH. Cet argument est soutenu par la conclusion de Piatak et ses collègues (1993) ainsi que d'autres que la plupart des personnes avec des charges virales élevées n'ont pas de virus cultivable/infectieux, et que même chez les personnes qui ont du virus cultivable, entre 99.99% et 99.9999% des virus sont non-cultivables et non-infectieux. Ces virus « non-infectieux » peuvent représenter des charges virales faussement élevées dues à l'identification erronée de l'ARN venant des cellules humaines et de microbes.

Une autre implication de ces résultats est que le diagnostic de l'infection par le VIH continue à se fonder fortement sur les tests ELISA et Western Blot. L'exactitude de ces tests d'anticorps et la méthodologie expérimentale employée pour déterminer leur sensibilité et spécificité devraient donc être soigneusement examinées, d'autant plus que quelques auteurs considèrent les faux positifs comme étant un problème avec ces tests également (Proffitt et autres. 1993, Challakeree et autres. 1997, de Harven 1998a&b, Giraldo 1998, MacKenzie 1992, Papadopulos-Eleopulos et autres. 1993, Sayre et autres. 1996). Une corrélation forte entre les charges virales positives et les tests positifs d'anticorps au VIH est prévue parce que les tests de charge virale sont conçus pour rechercher les séquences d'ARN qui viennent des protéines utilisées dans les tests d'anticorps. Si une personne réagit positif au test d'anticorps, elle est susceptible d'avoir de l'ARN avec les mêmes séquences de code dans son sang parce que cet ARN est employé par les cellules pour coder pour ces protéines. Ceci signifie qu'un test d'anticorps faux positif est très susceptible d'augmenter le risque d'une charge virale faussement positive.

Un examen plus approfondi visant à déterminer quels facteurs augmentent le risque de charges virales faussement positives ou faussement élevées serait extrêmement précieux puisque beaucoup de décisions de traitement sont actuellement basées sur des mesures de charge virale. Jusqu'à ce qu'une telle recherche soit entreprise, toutefois, il est recommandé de prendre les décisions de traitement en se basant sur les symptômes de la personne et sur la présence d'une maladie clinique, et de ne pas trop compter sur les résultats des tests de charge virale. Si une personne semble être en moins bonne santé d'un point de vue médicale, bien que sa charge virale ait diminué, il peut être recommandé de réduire ou d'arrêter les médicaments administrés. Une grande partie de la charge virale réduite observée dans cette situation pourrait être due aux effets toxiques de ces médicaments sur les cellules humaines. De même, si une personne est médicalement en bonne santé bien que sa charge virale soit haute et qu'elle ne prenne aucun médicament anti-VIH, il peut être recommandé de ne pas prendre de médicament et, au lieu de ça, d'encourager la mise en place de mesures se concentrant sur la santé alimentaire, sociale, psychologique, et spirituelle, plutôt que de se concentrer sur des traitements dont le but primaire est de réduire la "charge virale" de la personne.

Matt Irwin MD est un médecin généraliste qui a écrit plusieurs articles sur le VIH et le SIDA tout en allant à l'école de médecine à l'université de George Washington. Il possède également une maîtrise en travail social de la Catholic University of America. En plus de son intérêt pour les conceptions alternatives du VIH et du SIDA, il se spécialise dans la promotion de la santé avec des interventions sur les problèmes alimentaires, psychologiques, sociaux, et spirituels, aussi bien que sur l'homéopathie classique. Il a un cabinet médical près de Washington, D.C.

 

(Traduit par Aixur : aout 2006)

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